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一个企业通过了ISO9001质量体系认证并取得了"认证"，是否就说明该企业的质量体系在运行？产品的质量就能很好地顾客的需求了呢？回答显然是否定的。在通过了ISO9001质量体系认证的企业中，有的企业产品的质量大幅度提，经济效益10分显著，而有的却面貌依旧，产品的质量平平。究其原因，除认证本身的客观原因外，主要还是企业自身原因造成的。
质量体系的是"程序"，即按规定的标准来约束自己的行为。这就要求企业的人员依法行事、求真务实、真抓实干且持之以恒。这样，才能使建立起来的质量体系得以运行。
质量体系运行根本的要求是："应该做到的要写到，写到的要做到，做到的要有记录。"质量体系管理的这三条基本要求看似简单，但在实际工作中执行起来，许多企业便出现了这样或那样的问题。
1、言行不一："言"指相关程序文件或"作业指导书"，"行"指具体操作和操作记录。在非关键过程中，"言行不一"可通是一般错误，若在关键过程中，这可能就会造成产品的质量的严重不合格，这违反了"写到的要做到"这一准则。
2、行政命令代替程序：这一现象普遍发生在企业的中高层管理人员身上。常出现某些负责人对工作程序理解不够，用现场指令代替既定的程序。会逐渐使质量体系运作日趋困难，导致质量体系的"各存实亡"。
3、只说不做：工作没有按完整的要求完成，不可避的会对产品埋下质量隐患。发生此类现象主要的原因是职工对工作程序不理解，对自己的工作感性认识，对待工作的态度往往就是不管采用何种方法只要完成任务就行。
4、只做不记：主要是指工作人员在工作过程中不注意记录或不注意保存"原始记录"，具体做了什么，有时连自己也不清楚。做的好坏程度也无法判定。
5、随意强：主要是指随便改变操作程序，而不经过相关部门的同意和签发变通知单。造成产品的质量的波动，破坏生产过程的稳定和连续。
6、概念模糊：在内审中某些部门在执行相关程序文件时理解不够或图省事，错误地把"甲"当成"乙"。
企业质量体系如何运行
通过了ISO9001体系认证并不能证明企业质量管理10全10美，也不代表企业的产品的质量无可挑剔，它是企业达到了标准要求的起点的一个证明。在观念上、习惯上适应ISO9001标准和质量体系文件的要求。须坚持执行并不断地通过内部质量审核和管理评审加强监督检查发现问题，解决问题，这样才能质量体系运行。